Η πρόπολη δρα αποτελεσματικά έναντι στους μικροοργανισμούς, όπως είναι τα βακτήρια και οι μύκητες. Αυτή η δράση της οφείλεται στην περιεκτικότητά της σε φλαβονοειδή. Στα φλαβονοειδή, οφείλεται επίσης η ικανότητα της πρόπολης να ενισχύει το ανοσοποιητικό σύστημα και να θωρακίζει τη φυσική άμυνά του οργανισμού. Έτσι, η πρόπολη είναι ένα σημαντικό συστατικό για την αντιμετώπιση της εποχιακής γρίπης, της αμυγδαλίτιδας και γενικότερα προστατεύει από τις ιώσεις και τις φλεγμονές.